《洞洞杂货铺》是一部奇幻推理漫画，侦探安铭接手一桩离奇盗窃案，唯一的线索是一张写着“洞洞杂货铺”的名片。他找到这家藏在暗巷中的店铺，发现店主是个神秘少女，货架上摆满“可以使用一次的魔法道具”。安铭在破案过程中，借助“真相放大镜”“回溯怀表”等道具揭开多个谜团，却发现自己正在调查的案件竟与杂货铺的起源有关——它曾属于一个消失的魔法师家族，而店主正是最后一位继承人。两人从猜忌到合作，共同面对觊觎魔法道具的黑暗势力，也在日常嬉闹中萌生了微妙情愫。
安铭在案发现场捡到名片，按地址找到铺子，店主少女沏茶笑道：“侦探先生，你身上的谜团比案件还多。”
安铭借走放大镜，发现被盗画作上的签名其实是伪造的，真凶竟是画家的经纪人，一桩伪作案浮出水面。
少女用怀表重现案发前十分钟的影像，安铭看清了凶手的脸，却在影像中发现少女的身影一闪而过。
两人翻找旧物，找到一本日记，记录着杂货铺第一任主人如何用魔法道具守护城市，字迹与少女的手稿相同。
黑暗势力夜袭杂货铺，安铭用“护盾领带”挡下攻击，少女发动“记忆迷宫”困住敌人，两人配合默契。
少女告诉安铭，杂货铺的存在是“用记忆换取安宁”，而她愿意用自己的记忆交换保护安铭，安铭紧紧握住她的手。